Stefano Malferrari estudió en el Conservatorio Giovanni Battista Martini de Bolonia y se graduó (con matrícula de honor) del Conservatorio Gioachino Rossini de Pesaro bajo la dirección de Franco Scala. Después, continuó sus estudios con los pianistas Jörg Demus y Gyorgy Sandor.

Ganador de algunos concursos internacionales (Enna, Senigallia), ha dado recitales y conciertos como solista con orquesta (Orquesta Sinfónica de Varsovia, Orquesta Sinfónica de Recife, Accademia Bizantina), con grupos de música de cámara y conjuntos de música contemporánea para célebres asociaciones y salas de concierto italianas como la Sala Verdi (Milán), la Academia Filarmónica (Roma), el Teatro Comunale (Florencia) y el Teatro Comunale (Bolonia). También ha ofrecido conciertos en Europa (Suiza, Francia, Alemania, Suecia, Croacia, Islandia, Noruega, Gran Bretaña, España, Rusia y Grecia), en América Central y del Sur (México, Perú, Colombia, Brasil, Chile, Argentina y Ecuador) y en Asia (Kazajstán y Tailandia).

Ha tocado en varios festivales internacionales como el Rossini Opera Festival (Pesaro), Festival dei Due Mondi (Spoleto), Maggio Musicale Fiorentino (Florencia), MilanoMusica (Milán), Settembre Musica (Turín), Biennale Musica (Venecia), Cité de la musique (Estrasburgo) e International Bergen Festival (Bergen, Noruega), Ravenna Festival, Dimitria Festival (Tesalónica).

Muy comprometido con la música de cámara y el repertorio vocal, ha tocado con muchos músicos de renombre como los flautistas Andrea Griminelli, Giorgio Zagnoni, el pianista Jörg Demus, el violinista Domenico Nordio, las sopranos Dimitra Theodossiu, Irina Lungu y Lorna Windsor y la mezzo Monica Bacelli.

Ha dedicado especial atención al repertorio contemporáneo con colaboraciones con el violinista Enzo Porta, la flautista Annamaria Morini y el pianista Mauro Castellano; en muchas ocasiones ha hecho estrenos absolutos, colaborando con compositores como Sylvano Bussotti, Jonathan Harvey, Tristan Murail, Adriano Guarnieri, Paolo Aralla, Cristina Landuzzi y Chiara Benati. Ha participado en numerosos conjuntos de música contemporánea como Octandre (Bolonia), FontanaMIX (Bolonia), European Music Project (Ulm, Suecia) y Zephir Ensemble (Palermo).

En octubre de 2008 tocó el estreno mundial del Concerto per l’Infanzia para piano, soprano y orquesta de Marco Biscarini, en el Teatro Santa Isabel de Recife, con la Orquesta Sinfónica de Recife.

Algunas de sus presentaciones han sido transmitidas por la RAI (Televisión Italiana), radios extranjeras y redes privadas. Grabó algunos discos para NUOVA CARISCH, NLM, NUOVA ERA, AGENDA, TACTUS, VERMEER y EMAVINCI.

Además de enseñar en el Conservatorio Giovanni Battista Martini de Bolonia, ha dado cursos y conferencias-conciertos para varias instituciones musicales italianas. Además, es director (con Lorenzo Bianconi y Giorgio Pagannone) de la serie de libros «Chiavi d’ascolto» [Claves de escucha] (Ediciones Albisani). Ha sido nombrado miembro del jurado en algunos concursos nacionales e internacionales de piano y música de cámara. Colaboró como director o asesor artístico de asociaciones culturales y musicales, tanto privadas como institucionales. También participó en la creación del conjunto de música contemporánea FontanaMIX