Director invitado principal de la Filarmónica Estatal Eslovaca, Košice

Director de la Ópera del Teatro Nacional de Praga

Estudió oboe y dirección de orquesta en el Conservatorio de Praga (F. X. Thuri, M. Klemens) y en la Academia de Artes Escénicas de Praga (J. Mihule, J. Bělohlávek). Siendo aún estudiante, obtuvo importantes éxitos en este campo: además de cinco primeros premios en concursos nacionales, recibió el segundo premio en el Concurso Internacional de Música de Primavera de Praga en 1996 y el mismo año fue galardonado con el Premio Josef Hlávka. Fue oboísta principal de la Ópera del Teatro Nacional de Praga y, durante diez años, oboísta principal de la PKF – Prague Philharmonia.

Después de culminar sus estudios, se convirtió en invitado habitual de la PKF-Prague Philharmonia, donde dirigió más de 50 conciertos a lo largo de diez años. Sus presentaciones incluyeron actuaciones en destacados festivales de música y prestigiosos eventos (Festival de Primavera de Praga, etc.), y actuó como solista y director por igual en varias ocasiones. Colabora regularmente con la mayoría de las orquestas sinfónicas checas.

 La cooperación con la Filarmónica Estatal Eslovaca de Košice culminó con su nombramiento como Director Titular desde la temporada 2008/2009. En Košice interpretó muchas piezas significativas del repertorio sinfónico, incluyendo grandes composiciones vocales-instrumentales (Réquiem de Verdi, Stabat Mater y Réquiem de Dvorak, Stabat Mater y Pequeña Misa Solemne de Rossini, etc.). También dirigió a la Filarmónica Estatal Eslovaca de Košice en giras de conciertos por Alemania (2013, 2016 y 2018), giras por China (2015 y 2017). También dirigió orquestas en Hungría, Japón, Polonia, Alemania e Italia. 

De 2001 a 2002 trabajó como asistente de Vladimir Ashkenazy, director titular de la Orquesta Filarmónica Checa, donde también colaboró con otros importantes directores como L.Segerstam, C.P.Flor, Z.Mácal y M.Honeck. Ha grabado para la Radio Checa y la Televisión Checa.

Desde 2004, Zbyněk Müller trabaja en el Teatro Nacional de Praga, donde ha dirigido Don Giovanni, La flauta mágica, Las bodas de Fígaro (W.A.Mozart), Fate, Cunning Litlte vixen (L.Janáček) Adriana Lecouvreur (F.Cilea), Aida, La Traviata (G.Verdi), Greek Passions (B.Martinů), Carmen (G.Bizet) , Samson et Dalila (C. Saint-Saëns), Rusalka, Jakobín (A.Dvořák) Les Contes d’Hoffmann (J.Offenbach), Iolanta (P.I.Tchaikovsky) , Le Rossignol (I.Stravinsky), Lohengrin (R.Wagner), las óperas de Smetana El secreto y El beso (con grabaciones en directo para la Televisión Checa), y el estreno mundial de la ópera La Conquista (L.Ferrero).

Un reconocimiento especial llegó tras su interpretación de Gloriana de Britten (en estreno checo). Un éxito reciente notable tuvo también su preparación musical y las interpretaciones de las óperas de Carl Orff Die Kluge y Der Mond. Con el Teatro Nacional de Praga ha dirigido actuaciones también en Düsseldorf (Don Giovanni), en Wiesbaden (Adriana Lecouvreur), en Corea del Sur y en el prestigioso Festival Internacional de Ravenna, Italia (Don Giovanni), en Miskolc (Don Giovanni), y en el Festival de Ópera Afrodita de Pafos, Chipre (Les Contes d’Hoffmann), con el conjunto de la Ópera Estatal de Praga dirigió la gira por Japón con La flauta mágica de Mozart. Para el Teatro Nacional de Moravia – Silesia de Ostrava preparó y dirigió Fedora y Andrea Chénier de Giordano, en el Teatro Estatal de Košice dirigió La novia vendida de Smetana. Zbyněk Müller también se presentó en Theater am Rhein Düsseldorf-Duisburg con Don Giovanni y en el Teatro Real Madrid (Destino de Janáček).

Desde octubre de 2019, es profesor de dirección de orquesta en la Facultad de Música de la Academia de Artes Escénicas de Praga.