Actualmente es trompetista principal de la Orquesta Sinfónica Nacional de Colombia. Profesor de la Universidad Nacional de Colombia y la Universidad de Los Andes.

Ganador del segundo premio del Concurso Internacional de Trompeta en «Lieksa Brass Week” Finlandia, 2012. Ganó el primer premio en los concursos nacionales de trompeta: «Eric Aubier» 2001 y «Ciudad de Bogotá» 2005. Finalista y premio especial del jurado “Jury Prize” en el Concurso Internacional de Trompeta “Homage to Haydn” en Budapest, Hungría 2009.

En Colombia ha integrado varias agrupaciones sinfónicas, como: la Orquesta Filarmónica de Bogotá, Banda Sinfónica Santa Fe de Bogotá y la Banda Sinfónica Nacional, entre otras. También ha integrado y colaborado con: la «YOA» Orquesta de las Américas, la Orquesta de los Países Andinos «CAF», la Orquesta Sinfónica Mundial 24/04 (Yerevan – Armenia), la Filarmónica de Santiago de Chile y la London Sinfonia. En el Schagerl Brass Festival de Austria en 2014 hizo parte del «European Brass Ensemble».

A menudo actúa como solista y tallerista invitado en diferentes orquestas, universidades y festivales en varios países. Cabe mencionar sus presentaciones en Argentina, Perú, España, Estados Unidos, Francia, Guatemala, Hungría, México, Chile, Panamá, Brasil y Costa Rica.

Ha comisionado y estrenado numerosas obras para trompeta y piano, así como conciertos para trompeta y orquesta de compositores colombianos. Además, constantemente introduce repertorio internacional de trompeta en su país. En 2015, Avendaño lanzó un disco compacto con música original colombiana y está preparando una nueva grabación para el 2021.

En 2017 fundó la Academia Colombiana de Trompeta, cuyo propósito es asociar a los trompetistas de su país para ofrecerles una alternativa y complemento en sus estudios musicales.

En el mes de junio, Juan Fernando está invitado a la conferencia mundial de trompeta de la International Trumpet Guild en su edición número 45.

Juan Avendaño es artista Yamaha.

Producción musical junto a Sergei Sichkov y Mauricio Arias. Todas las obras originales.